Neue Workunits: die Berechnung der Sequenzähnlichkeiten und Domänen für ca. 350.000 neue Sequenzen, die im März 2008 aus den Datenbanken PDB, RefSeq und Uniprot importiert wurden, startet am Abend des 31. März.
– SIMAP News –
Aus dem QMC Forum:
Hallo zusammen,
heute möchte ich mich als neues QMC-Teammitglied vorstellen. Mein Name ist Robert Hünerbein, ich promoviere wie Martin im Arbeitskreis von Prof. Grimme.
Aufgrund des extrem großen Erfolges von QMC@home hatten wir die Idee, das man möglicherweise auch andere quantenchemische Anwendungen als Quanten Monte Carlo verteilt rechnen könnte.
Die Methode, an der ich und die meisten anderen Arbeitskreismitglieder arbeiten ist die Dichtefunktionaltheorie (DFT) (http://de.wikipedia.org/wiki/Dichtefunktionaltheorie_%28Quantenphysik%29)
für deren Entwicklung Walter Kohn 1998 den Nobelpreis erhielt. Die methodische Verbesserung und auch Anwendung sind wichtige Aufgabenfelder der aktuellen theoretischen Forschung in der Chemie. Unser AK-Leiter Prof. Grimme hat viele vielzitierte Publikationen auf diesen Gebiet vorzuweisen:
http://www.uni-muenster.de/Chemie.oc/research/grimme/publications.html
Diese Methode erreicht zwar nicht die Genauigkeit, die wir mit QMC anstreben, dafür ist sie aber für unsere tägliche Arbeit als Quantenchemiker einsetzbar. Dies würden wir nun auch gerne mit Eurer Hilfe im großen Stil tun. Dafür haben wir Teile des Programmpakets ORCA von Prof. Neese aus Bonn für Boinc angepasst. ORCA ist eines der modernsten Quantenchemie-Pakete, die derzeit erhältlich sind und Prof. Neese hat uns freundlicherweise erlaubt es für unser Projekt zu nutzen. Wer mehr über das Programm erfahren will kann dies auf folgender Seite:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/
ORCA als Boinc-Applikation haben wir soeben mit den ersten Testworkunits online gestellt. UNSERE USER NEHMEN SELBSTVERSTÄNDLICH NICHT AUTOMATISCH AN DEM BETA-TEST DER NEUEN APPLIKATION TEIL. Wer teilnehmen möchte, muss seine Teilnahme explizit in seinem Profil aktivieren. Dazu muss man folgende Schritte ausführen:
Startseite ->
Konto anzeigen & bearbeiten ->
QMC@HOME Einstellungen ->
Edit QMC@HOME preferences ->
Run test applications? YES
Die neue Applikation ist natürlich intern ausgiebig getestet. Sie hat etwas andere Hardwareanforderungen als amolqc: Der RAM und Festplattenbedarf wird langfristig wahrscheinlich höher sein, als der von amolqc. Außerdem sind die Binaries deutlich größer (20-30 MB), die Inputfiles allerdings kleiner. Wir sind relativ sicher, dass es keine größeren Probleme geben wird, aber da es sich um einen ersten Testlauf handelt, verhält sich ORCA unter Umständen instabiler als amolqc unter BOINC. Es gibt auch leider derzeit für die Beta-Applikation noch keinen grafischen Bildschirmschoner.
Es würde uns sehr freuen, wenn sich einige Leute finden würden, die uns auch für die neue Applikation Rechenzeit spenden würden.
Wir richten für alle Fragen, die mit ORCA zusammenhängen ein neues Unterforum ein. Außerdem könnt Ihr mich unter
rhuener at uni-muenster punkt de
erreichen.
Vielen Dank schonmal im vorraus.
Robert
Da ORCA 5.01 noch “Kinderkrankheiten” zu haben scheint, HIER der Info-Tread im QMC Forum.
– Miko –
BOINC hat Version 5.10.45 für alle Betriebssysteme als empfohlene Version heraus gebracht.
Änderungen/Neuerungen:
Diese Version ist ein “Bug fix”.
- Fehler bei der Benutzung der (Proxy) Configuration “force_auth” in der cc_config.xml
(Info)
behoben.
- Bei der Windows Vista Version wurde der “Start/Beenden Fehler” behoben.
Offizielle Downloadseite: HIER
– Miko –
6. März 2008
SIMAP-Erweiterung abgeschlossen:
Die Berechnung von ca. 10 Millionen Proteinsequenzen aus Umweltsequenzierungsprojekten ist abgeschlossen. Durch diese Daten hat SIMAP seine Größe mehr als verdreifacht - von 80 Milliarden gespeicherten Sequenzähnlichkeiten auf mehr als 250 Milliarden.
Wir danken allen, die in den letzten Monaten mitgerechnet und diese SIMAP-Erweiterung mit ihrer Rechenleistung so schnell möglich gemacht haben.
Nun wird SIMAP wieder zu einem periodischen Projekt, in dem immer zu Beginn des Monats neue Proteinsequenzen aus den relevanten Datenbanken sowie auch neue Proteinsequenzen aus Umweltsequenzierungsprojekten berechnet werden.
– Simap –