Neue Workunits: die Berechnung der Sequenzähnlichkeiten und Domänen für ca. 350.000 neue Sequenzen, die im März 2008 aus den Datenbanken PDB, RefSeq und Uniprot importiert wurden, startet am Abend des 31. März.
– SIMAP News –
6. März 2008
SIMAP-Erweiterung abgeschlossen:
Die Berechnung von ca. 10 Millionen Proteinsequenzen aus Umweltsequenzierungsprojekten ist abgeschlossen. Durch diese Daten hat SIMAP seine Größe mehr als verdreifacht - von 80 Milliarden gespeicherten Sequenzähnlichkeiten auf mehr als 250 Milliarden.
Wir danken allen, die in den letzten Monaten mitgerechnet und diese SIMAP-Erweiterung mit ihrer Rechenleistung so schnell möglich gemacht haben.
Nun wird SIMAP wieder zu einem periodischen Projekt, in dem immer zu Beginn des Monats neue Proteinsequenzen aus den relevanten Datenbanken sowie auch neue Proteinsequenzen aus Umweltsequenzierungsprojekten berechnet werden.
– Simap –
Von SIMAP gibt es Neuigkeiten zu berichten:
1. Zusammenarbeit mit Gene3D.
2. X4500-Spende von SUN als neuen Datenbankserver für SIMAP.
3. Für die wissenschaftlichen Anwender wird es Mitte September ein neues SIMAP-Portal geben.
(weitere Infos später)
SIMAP hat begonnen, monatlich umfassende Datensätze von Protein-Ähnlichkeiten und -features für das Gene3D-Projekt zu erzeugen.
Ausführliche Infos:
- in den SIMAP News (deutsch)
- Gene3D
- CATH
Infos zur X4500 (einem wirklich nicht alltäglichen Servertyp) gibts HIER
– Miko –
Die Berechnung der Sequenzähnlichkeiten und Domänen für diesmal nur ca. 33.000 neue Sequenzen, die im Mai aus den Datenbanken PDB und Uniprot importiert wurden, startet am 31. Mai.
– Simap –
Neue Workunits:
die Berechnung der Sequenzähnlichkeiten und Domänen für ca. 350.000 neue Sequenzen,
die im April aus den Datenbanken PDB, Uniprot und RefSeq-Genomen importiert wurden,
sowie von ca. 10.000 neuen Domains aus der neuen InterPro Version 15.0
startet am späten Abend des 30. April,
sobald ein kleines Hardwareproblem am Fileserver behoben ist.
– SIMAP / Miko –